Tuesday, September 10, 2013

Tech Tip: The Pseudo-autosomal region of the reference assembly

As part of normal cell division, maternal and paternal chromosomes copies pair (that is maternal chromosome 1 pairs with paternal chromosome 1) and exchange genetic material. This is an important step in cell division and poses a unique problem for males, who normally only have a single copy of the X and Y chromosomes. The X and Y chromosomes have regions at each end referred to as the pseudo-autosomal region - or the PAR. The PAR regions of the X and Y are homologous which allows for the X and Y to pair and exchange genetic material within these regions. Within the PAR regions, males contain two copies of genes (one on the X and one on the Y) where as on the rest of the X and Y chromosome they only contain one copy. There are two PAR regions, one at either end of the X and Y chromosomes.
Human chromosomes X and Y with the PAR locations highlighted in orange and denoted by gray triangles. The PAR 1 region (on Xp and Yp, to the left) is larger than the PAR 2 region (on Xq and Yq).  The PAR 2 region orange highlight is not visible as it is very small with respect to the rest of the chromosome. 


During the Human Genome Project (HGP) a decision was made to not separately sequence the PAR region of a Y chromosome. At that point, the reference assembly was meant to be a haploid genome representation, so only one copy of the PAR regions was necessary. In order to build the Y chromosome, the HGP made a copy of the X chromosome PAR sequence and inserted it into the chromosome Y sequence assembly. This was done in order to make a complete model of each chromosome- without the PAR representation the Y sequence assembly would be incomplete.

Since the GRC has taken responsibility for the reference assembly, we have updated the assembly model so that the reference is no longer a single, haploid representation [PubMed]. However, when we introduce allelic duplication, we put the duplicated sequence into a separate assembly unit (refresher on the assembly model). The PAR is the only case where we represent allelic duplication within the same assembly unit. This was true for GRCh37 and will again be the case when we submit GRCh38 to GenBank.

This duplication needs to be taken into account when performing sequence analysis so that you can distinguish allelic duplication from other types of duplications, such as repeats and segmental duplication. When you sequence a female sample, reads from the PAR regions will align to both the X and Y PAR sequences. This may affect the mapping quality of reads in this region and can affect variant calling. One approach many groups take to solving this problem is to 'hard-mask' the PAR regions on the Y chromosome- this means replacing the actual sequence with Ns. This preserves the sequence coordinate space of the Y chromosome, but eliminates the duplication at this locus. 

1 comment:

  1. เล่นเกมตกปลาออนไลน์ง่าย ๆ ที่นี่ เล่นเกมตกปลาออนไลน์สะดวกสนุกบริการของ ยูฟ่าเบท พร้อมจะให้คุณสนุก และพร้อมที่จะทำให้คุณสะดวกช่วงเวลาตกปลาของเราก็มีหลายลักษณะ ห้องเดิมพันทุกห้องเลือกได้ในราคาขั้นต่ำ เลือกเล่นได้ตามความต้องการสนุกได้ทุกที่ ไม่ว่าคุณอยากจะเดิมพันได้ราคาเท่าไหร่ ก็สามารถเลือกได้ตามความต้องการเช่นเดียวกันเล่นขั้นต่ำก็กำไรดี เล่นมากก็กำไรมาก เพราะบริการของที่นี่มีให้คุณเลือกเดิมพันได้ทุกช่วงสนุกได้ทุกเวลา

    ยูฟ่าเบท พร้อมแล้วกับบริการทันสมัยใส่ใจ พร้อมให้ข้อมูลเดิมพันกันละเอียด เล่นได้อย่างสนุกเลือกเล่นได้ตามความต้องการอย่างสะดวก คลิกที่นี่ เปิดตลอด 24 ชั่วโมงทุกห้องสามารถเลือกอาวุธพิเศษ เลือกอุปกรณ์จะช่วยให้คุณทำเงินได้ พร้อมไกค์ไลน์ ในการแนะนำการแนะนำทุกรูปแบบยูฟ่าเบทระบบทดลอง ให้คุณได้เดิมพันด้วยสนุกได้อย่างเต็มที่ พร้อมข้อมูลเด็ดๆดีๆสนุกจริงสะดวกแน่นอน และหากคุณสนใจสามารถสมัครบริการได้ที่นี่พร้อมแล้วที่จะให้คุณเลือกเดิมพันได้ทุกวันทุกเวลา

    มั่นใจเต็มที่บริการทันสมัยแบบนี้อย่ารอช้า สนุกและสะดวกจึงบริการ นี้เล่นได้ทั้ง Smartphone และคอมพิวเตอร์ พร้อมบริการได้อย่างเต็มที่ทุกเวลาสนุกจริงสะดวกไปกับข้อมูลเด็ดๆดีๆพร้อมให้กับนักเดิมพันได้เข้าร่วม การล่ารางวัลอย่างสนุกกับเกมยิงปลาหรือตกปลาออนไลน์ผ่านระบบทันสมัยใส่ใจในทุกห้องพร้อมอย่างเต็มที่กับบริการดีๆที่น่าสนใจเรามีให้คุณเดิมพันได้อย่างสะดวกและถ้าคุณต้องการข้อมูลเสริมเพิ่มเติมติดตามกันได้ที่มีแจกฟรีรหัสลับและเทคนิคการเดิมพันทุกรูปแบบมีให้เล่นเดิมพันสะดวกทุกช่วงต้องนึกถึงบริการของยูฟ่าเบท

    ReplyDelete